Né à Fribourg (Suisse) en 1957, Jean-François Mayer a obtenu un doctorat en histoire et civilisations à l'Université de Lyon en 1984. En 1985-1986, il a collaboré à temps partiel à Radio Suisse Internationale. Puis, de 1987 à 1990, il a été responsable d'un important projet de recherche dans le cadre du PNR 21 ("Pluralisme culturel et identité nationale") du Fonds national suisse de la recherche scientifique.

De 1991-1998, Jean-François Mayer a travaillé comme analyste sur les affaires internationales et stratégiques pour le gouvernement fédéral suisse; dès 1992, il a été dans ce cadre le responsable du secrétariat de la Conférence de situation.

Revenu au monde de la recherche à la fin des années 1990, Jean-François Mayer a enseigné à l'Université de Fribourg de 1999 à 2007. Il est fréquemment invité dans des universités étrangères.

Jean-François Mayer a fondé en août 1999 un cabinet d'études stratégiques, JFM Recherches et Analyses. Ce cabinet effectue des travaux de recherche et d'analyse pour des administrations publiques, des entreprises et des institutions scientifiques.

De 2006 à 2010, Jean-François Mayer a été conseiller scientifique du projet "Religion et politique" accueilli par l'Institut universitaire de hautes études internationales et du développement (Genève).

En 2007, Jean-François Mayer a fondé l'Institut Religioscope, qu'il dirige aujourd'hui. Dans ce cadre, il est rédacteur en chef de Religioscope, site indépendant et bilingue qui offre des informations et études sur le rôle et la place des religions dans le monde actuel, qui a vu le jour en 2002. Il est également rédacteur associé de Religion Watch, une lettre d'information sur les tendances religieuses contemporaines.

Jean-François Mayer a créé plusieurs sites web. Il est l'auteur d'une dizaine d'ouvrages (en six langues) et de nombreux articles, notamment consacrés aux facteurs et développements religieux dans le monde contemporain. Une liste complète de ses publications est accessible sur ce site.